用于RNA测序需求的新的和改进的库预备套件

nextFlex.®快速定向RNA-SEQ套件2.0

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仅供研究使用。不用于诊断过程。

  • Nova-5198-01

    $297.

    8 rxns.

  • NOVA-5198-02

    $1,782

    48 rxns.

  • NOVA-5198-03

    $3,565

    96 rxns.

新的和改进的图书馆准备套件用于RNA测序需求

nextflex.®快速定向RNA-SEQ套件2.0为Illumina生产库®使用高覆盖均匀性,低复制率,链特异性和最小rRNA污染的测序仪器nextFlex.®聚(a)珠子2.0(10 ng - 5μg)或nextFlex.®ribonaut.rRNA耗尽试剂盒(人,小鼠,大鼠)(5 ng - 1μg)。该试剂盒包括逆转录酶,必要的文库制备试剂,以及优化的清洁/尺寸选择珠子,以确保可靠的性能。该套件涉及一个简单的库准备协议,已通过更新的NextFlex验证®Poly(a)珠子2.0和nextflex®ribonaut.RRNA耗尽试剂盒(人,小鼠,大鼠)适应总RNA作为输入。nextflex.®快速定向RNA-SEQ套件2.0设计用于使用nextFlex.®RNA-SEQ 2.0独特的双指数条形码(6.25μm),这是色彩平衡的,并且经历了专有的纯度QC度量标准,为每个样本产生可靠的测序结果。

Poly(a)选择的图书馆的性能

RNA图1

图1. nextFlex®与竞争对手N套件相比,快速定向RNA-SEQ试剂盒2.0表现出沿比力的覆盖率。使用NextFlex从Universal人参考RNA(Agilent#740000)中分离聚(a)mRNA®聚(a)珠子2.0和竞争对手N poly(a)富集试剂盒。使用nextflex生成图书馆®快速定向RNA-SEQ套件2.0和竞争对手N的图书馆准备套件。在Illumina上测序所得文库®Miseq.®使用配对端模式(2×76bp)的序列仪。使用cutadapt修剪读取并使用bowtie映射到Gencode V30参考2。使用BBMAP堆叠工具计算沿比记录的覆盖范围。

图2快速RNA

图2. nextFlex®快速定向RNA-SEQ试剂盒2.0与竞争对手N套件相比,展示了低复制率。使用NextFlex从Universal人参考RNA(Agilent#740000)中分离聚(a)mRNA®聚(a)珠子2.0和竞争对手N poly(a)富集试剂盒。使用nextflex生成图书馆®快速定向RNA-SEQ套件2.0和竞争对手N的图书馆准备套件。在Illumina上测序所得文库®Miseq.®使用配对端模式(2×76bp)的序列仪。使用Cutadapt修剪读取,使用Bowtie2映射到Gencode V30参考,并随机下采样为100k读取。使用FastP All-In-One FASTQ预处理器计算重复速率。

图3快速RNA

图3. nextflex®快速定向RNA-SEQ套件2.0表现出与竞争对手N套件的可比方向性。使用NextFlex含有ERCC RNA Spike-In Mix(Thermo Fisher Scientific#4456740)的通用人参考RNA(Agilent#740000)中分离聚(a)mRNA®聚(a)珠子2.0和竞争对手N poly(a)富集试剂盒。使用nextflex生成图书馆®快速定向RNA-SEQ套件2.0和竞争对手N的图书馆准备套件。在Illumina上测序所得文库®Miseq.®使用配对端模式(2×76bp)的序列仪。使用cutadapt修剪读取并使用bowtie2映射到ERCC92参考。使用SAMTOOLS计算绞合性。

图4 RNA.

图4. nextFlex®快速定向RNA-SEQ试剂盒2.0提供含有低含量的RRNA污染库,而不是竞争对手N套件。使用NextFlex从Universal人参考RNA(Agilent#740000)中分离聚(a)mRNA®聚(a)珠子2.0和竞争对手N poly(a)富集试剂盒。使用nextflex生成图书馆®快速定向RNA-SEQ套件2.0和竞争对手N的图书馆准备套件。在Illumina上测序所得文库®Miseq.®使用配对端模式(2×76bp)的序列仪。使用Cafadapt修剪读取,通过使用Bowtie2来测定RRNA百分比对人RRNA的读数。nextflex.®与竞争对手N套件相比,快速定向RNA-SEQ试剂盒2.0显示出优越的去除5s,5.8s,12s,16s,18s和28s rRNA物种。

图5 RNA.

图5.使用Zephyr准备的库®G3 NGS工作站并使用NextFlex手动提供可比产量®快速定向RNA-SEQ试剂盒2.0。从普通人参考RNA分离聚(a)mRNA(安捷伦®#740000)使用nextflex®聚(a)珠子2.0。使用nextflex生成图书馆®快速定向RNA-SEQ试剂盒2.0。使用量子位量化最终图书馆浓度®2.0荧光计(Thermo Fisher®科学#Q32866)。

rRNA耗尽图书馆的表现

图1. nextFlex®与竞争对手N套件相比,快速定向RNA-SEQ试剂盒2.0表现出沿比力的覆盖率。使用NextFlex从Universal人参考RNA(Agilent#740000)中分离聚(a)mRNA®聚(a)珠子2.0和竞争对手N poly(a)富集试剂盒。使用nextflex生成图书馆®快速定向RNA-SEQ套件2.0和竞争对手N的图书馆准备套件。在Illumina上测序所得文库®Miseq.®使用配对端模式(2×76bp)的序列仪。使用cutadapt修剪读取并使用bowtie映射到Gencode V30参考2。使用BBMAP堆叠工具计算沿比记录的覆盖范围。

图2. nextFlex®快速定向RNA-SEQ试剂盒2.0与竞争对手N套件相比,展示了低复制率。从通用人参考RNA中分离RRNA耗尽的总RNA(安捷伦®#740000)使用nextflex®Ribonaut™rRNA耗尽试剂盒(人,小鼠,大鼠)和竞争对手N rRNA-Fepletion套件。使用NextFlex®快速定向RNA-SEQ套件2.0和竞争对手N的图书馆准备套件生成图书馆。在Illumina上测序所得文库®Miseq.®使用单端模式(1×151 BP)的序列仪。使用Cutadapt修剪读取,使用Bowtie2映射到Gencode V30参考转录组,并随机下采样为28K读取。使用FastP All-In-One FASTQ预处理器计算重复速率。

搁浅

图3. nextflex®快速定向RNA-SEQ试剂盒2.0展示了相对于竞争对手N套件的可比方向性。从通用人参考RNA中分离RRNA耗尽的总RNA(安捷伦®#740000)使用nextflex®Ribonaut™rRNA耗尽试剂盒(人,小鼠,大鼠)和竞争对手N rRNA-Fepletion套件。使用nextflex生成图书馆®快速定向RNA-SEQ套件2.0和竞争对手N的图书馆准备套件。在Illumina上测序所得文库®Miseq.®使用单端模式(1×151 BP)的序列仪。使用cutadapt修剪读取,并使用bowtie2映射到Gencode V30参考转录组。从各个样本的读取组合并下采样,总共800K读取。使用FASTP一体化FASTQ预处理器计算搁浅。

人rrna对齐

图4. nextFlex®快速定向RNA-SEQ试剂盒2.0与竞争对手N套件相比,提供含有低水平的RRNA污染的库。使用NextFlex从Universal人参考RNA(Agilent#740000)中分离RRNA耗尽的总RNA®Ribonaut™rRNA耗尽试剂盒(人,小鼠,大鼠)和竞争对手N rRNA-Fepletion套件。使用nextflex生成图书馆®快速定向RNA-SEQ套件2.0和竞争对手N的图书馆准备套件。在Illumina上测序所得文库®Miseq.®使用单端模式(1×151 BP)的序列仪。使用Cafadapt修剪读取,通过使用Bowtie2来测定RRNA百分比对人RRNA的读数。nextflex.®与竞争对手N套件相比,快速定向RNA-SEQ试剂盒2.0显示出优越的去除5s,5.8s,12s,16s,18s和28s rRNA物种。

图5.使用SciClone准备的库®G3 NGSX工作站并使用NextFlex手动提供可比的产量®快速定向RNA-SEQ试剂盒2.0。使用NextFlex从Universal人参考RNA(Agilent#740000)中分离RRNA耗尽的总RNA®Ribonaut™rRNA耗尽套件。使用nextflex生成图书馆®快速定向RNA-SEQ试剂盒2.0。使用量子位量化最终图书馆浓度®2.0荧光计(Thermo Fisher Scientific#Q32866)。

工作流程

套件内容

  • nextFlex.®RNA-SEQ碎片缓冲液2.0
  • nextFlex.®定向第一链合成缓冲液混合物2.0
  • nextFlex.®快速逆转录酶2.0
  • nextFlex.®定向第二链合成混合2.0
  • nextFlex.®RNA-SEQ腺苷酸缓冲液混合物2.0
  • nextFlex.®RNA-SEQ腺苷酸酶2.0
  • nextFlex.®RNA-SEQ连接酶缓冲液混合物2.0
  • nextFlex.®RNA-SEQ连接酶2.0
  • nextFlex.®RNA-SEQ PCR主混合物2.0
  • nextFlex.®RNA-SEQ底漆混合物2.0(50μm)
  • 无核酸酶水
  • 重新悬浮缓冲区
  • nextFlex.®清理珠子XP.

未提供所需的材料

  • 10 ng - 1μg总RNA用于富集nextFlex.®聚(a)珠子或〜1 ng - 100ng分离mRNA或5 ng - 1μgrRNA耗尽的总RNA使用NextFlex®ITIBONOUT™RRNA DEPLETION套件(使用替代方法(人,小鼠,大鼠)或1ng - 100ng分离的mRNA或rRNA耗尽的RNA
  • 动态焦-2磁铁(Thermo Fisher Scientific,Cat#123-21D)
  • 100%乙醇(在室温下储存)
  • 2,10,20,200和1000μl移液器
  • 无RNASE的移液器尖端
  • 无核酸酶1.5ml微量离心管
  • 薄壁无核酸酶0.5 mL微量离心管
  • 96井PCR板非裙子(Phenix Research,Cat#MPS-499)/或/类似
  • 粘合剂PCR板密封(Bio-rad,Cat#MSB1001)
  • 磁场-96(Thermo Fisher Scientific,Cat#AM10027)/或/ /类似PCR清理
  • 微量冷纤维
  • 热循环师
  • 热块
  • 涡流

序列

  • NextFlex序列®RNA-SEQ 2.0独特的双索引条形码(套384)索引 -excel./PDF.
  • NextFlex序列®RNA-SEQ 2.0独特的双索引条形码(套1,536)索引 -excel.

传单

手动的

MSDS.

nextflex.®快速定向RNA库预备套件2.0含有足够的材料,以制备Illumina的8,48或96个样品®测序。该套件船舶最小可行的保质期至少为六个月。无核酸酶的水和重悬浮缓冲液可以在室温下储存。

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