甲基-SEQ库制备基础分辨率全基因组亚硫酸氢盐测序

博士。来自Salk生物学研究所的伊希特,文化和伊克特以及雅典大学西澳大利亚大学和施密兹的主人,雅典在自然出版物中发表了一种新的甲基-SEQ甲基-SEQ的新协议,对111参考人体表观瘤的一致性分析,由NIH路线图表观组织计划推出了由NIH路线谱系的表观蛋白组的地图。

他们的MethylC-Seq方案允许鉴定DNA甲基化特征,这些特征在传统的亚硫酸氢盐PCR方法中并不明显,例如在人类胚胎干细胞和脑组织中鉴定非CG甲基化,以及在动物基因组中鉴定大的部分甲基化域。通过合并NextFlex™Bisulfite-SEQ条形码,胞嘧啶 - 甲基化通用适配器进入方案中,消除了对目标底漆设计的需要,从而消除了相关的偏差。

该甲基-SEQ方案可用于确定DNA甲基化状态的遗传,揭示单甲基化多态性(SMPS)的自发换像率,自发表现力的普遍性以及人群范围内遗传变异协会的广泛证据(甲基QT1)用甲基化变体。本协议也可以应用于了解在整个发育中的DNA甲基化模式,物种在杂交物中和突变体之间。

Urich,M. A.,Nery,J. R.,Lister,R.,Schmitz,R.J.和Ecker,J. R.(2015)甲基-SEQ库制剂基础分辨率全基因组亚硫酸氢盐测序。自然协议10,475-483。DOI:10.1038 / nprot.2014.114。

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